Поддържан резерват „Сребърна” притежава значително разнообразие на видове, съобщества и екосистеми.
Според Michev et al. (1998) видовото разнообразие на Сребърна се състои от 1116 рода с 2748 таксона.

Синьо-зелени водорасли (Cyanophyta) – 231;
Прохлорофити (Prochlorophyta);
Микроскопични сладководни водорасли (Glaucophyta) – 1;
Еугленови водорасли (Euglenophyta) – 154;
Пирофитови водорасли (Pyrrophyta) – 17;
Златисти водорасли (Chrysophyta) - 140;
Криптофитови водорасли (Cryptophyta) - 19;
Червени водорасли (Chlorophyta - Rhodophyta) – 1;
Базидиеви гъби (Basidiomycota) – 9;
Торбести гъби (Ascomycota) - 1;
Deuteromycota - 6;
Лишеи (Lichenophyta) - 15;
Мъхове (Bryophyta) – 1;
Папрати (Polypodiophyta) - 4;
Покритосеменни (Magnoliophyta) - 275;
Спорови (Sporozoa) – 14;
Тип Миксоспорови (Myxozoa)- 1
Плоски червеи (Platyhelminthes) – 117;
Кръгли червеи (Nemathelminthes) – 125;
Бодлоглави червеи (Acanthocephala) – 6;
Мекотели (Mollusca) – 48;
Риби (Pisces) - 23;
Земноводни (Amphibia) – 12;
Влечуги (Reptilia) – 15;
Птици (Aves) - 221;
Бозайници (Mammalia) – 41.

Групи растения в ПР „Сребърна”. Общ брой - 1430 вида:

• цветни растения - 275 вида,
• гъби - 16 вида,
• лишеи - 15 вида,
• мъхове - 1 вид,
• папрати - 4 вида,
• водорасли - 1119 вида.

---

От растенията силно застрашени са следните видове:

• Воняща (отровна) цикута – (Cicuta virosa)
• Блатен кострец – (Sonchus palustris)
• Алоевиден стратиотез – (Stratiotis aloides)
• Водна роза (лилия) – (Nymphaea alba)
• Блатен телиптерис – (Thelupteris palustris)
• Жълта водна роза (бърдуче) – (Nuphar lutea)
• Щитолистна (нимфоидна) какичка – (Nymphoides peltata)
• Обикновена мехунка – (Utricularis vulgaris)
• Блатно кокиче – (Leucojum aestivum)
• Двуреда острица – (Carex disicha)
• Водна папрат – (Azola filiculades)
• Безкоренчеста волфия – (Wolffia arrhiza)
• Дяволски орех – (Trapa natanas)
• Жабешка водянка – (Hydrocharis morsus- ranae)

Най-голямата гордост на ПР „Сребърна” са къдроглавите пеликани

Гнездовата колония от къдроглави пеликани е най-ценният природен обект в резервата. Такива колонии в Европа има само на Балканския полуостров (Румъния, Гърция, Албания и България). Плаващият остров, на който е разположена колонията не винаги се издига с повишаването на водното ниво-и съществува опасност от наводняване на гнездата. Поради голямото консервационно значение на тази колония,  е изготвена специална работна програма, която следва да се изпълнява ежегодно. Тя съдържа описание на мониторинг и поддържащи дейности в колонията, които се извършват от Института за биоразнообразие и екосистемини изследвания при БАН и Фондация „Льо Балкан-България”.

От безгръбначните особено внимание заслужават малката богомолка (Ameles heldreichi) и житното пиле (Bradyporus dasypus). Особена зоогеографска стойност имат също земноводните и влечугите в т.ч. Европейска зелена жаба (Rana esculеnta), шипобедрена костенурка (Testudo graeca), шипоопашата костенурка (Testudo hermanni), кримски гущер (Lacerta taurica) и смок - стрелец (Coluber jugularis). От рибите дунавската минога - (Eudontomyzon danfordi) и змиорката - (Anguilla anguilla) са изчезнали. 

Разнообразието на съобщества в резервата и неговите околности, e определено по проекта Корине (Corine Biotope Project). Според него в Сребърна съществуват 13 типа местообитания. Самият резерват е част от близо 150-те „сайта” със съществено значение за опазване на биологичното разнообразие в България.
Съгласно Рамсарската класификация разнообразието на екосистеми в резервата „Сребърна” се определя от следните категории влажни зони в него и буферната му зона:
M Постоянни реки (коритото на р. Дунав между десния бряг и остров Девня);
O Постоянни сладководни езера (езерното огледало на Сребърна);
R Сезонни блата и водоеми (изкопните ями между дигата Ветрен - Силистра и левия бряг на р. Дунав);
Xf Сладководни водоеми, с преобладание на дървета; сезонно заливани гори (цялата територия на остров Девня и част от брега между дигата Ветрен – Силистра и десния бряг на р. Дунав);
Zk Подземни карстови и пещерни хидроложки системи (изворът „Канаричката” в южната част на Сребърна);

---

Разнообразието (по Udvardy, 1975) се определя от наличието на три биогеографски провинции: средноевропейски гори; понтийски степи и планински територии.

Естественост: Сребърна се отличава с добра естественост, която би била по-голяма без изкуствените насаждения по „Кара борун”, „Поляната” и „Коджа баир” от салкъм, чер бор, гледичия, хибридна топола, както и без голямата дига в северната част. Двата тръстикови масива в северната и южна част на езерото са едни от най-големите в България.

Рядкост: Резерватът „Сребърна” притежава следните черти, които повишават значително стойностите на този показател: уникална за страната и рядка в Европа и на Балканския полуостров гнездова колония от къдроглави пеликани, която може да бъде наблюдавана добре от сравнително късо разстояние от околните хълмове; единствено традиционно гнездово находище на голямата бяла чапла в България; едно от малкото гнездови находища на глобално застрашени видове птици в Европа като малък корморан и белоока потапница; едно от малкото зимовища на глобално застрашени видове като малката белочела и червеногушата гъска; една от малкото вековни гнездови колонии на малки бели, гривести, нощни, сиви и червени чапли, блестящи ибиси и лопатарки в България и в Европа; единствено находище на алдровандата в България; единственото място в България, където има плаващи острови (кочки) от тръстика; едно от малкото места в България с обширни тръстикови масиви; единственото добре запазено блато по Българското дунавско крайбрежие.

Крехкост: Резерватът „Сребърна” се отличава с относителна голяма крехкост поради няколко причини:езерото е тясно свързано с р. Дунав и е силно зависимо от нея; езерото е най-ниската част от водосборен басейн с площ 402 кm2 и всички вещества, с които се третират обработваемите площи в него, попадат в езерото; непосредствено до западния бряг на езерото е разположено едноименното село Сребърна, което оказва известно негативно влияние върху резервата; ерозионните процеси, които според Kutev (1999) активно протичат по хълмовете около езерото, силно влияят върху качествата на водите в него; голяма част от птиците-ихтиофаги, които гнездят в резервата, се хранят вън от границите на резервата. Това са влажни зони предимно в Румъния (рибарници и рибовъдни стопанства, язовири) и по-малко в България (микроязовири и разливи), които не притежават природозащитен статут.

Типичност: Резерватът „Сребърна” е типична влажна зона за долното течение на р. Дунав, с характерни представители на растителния и животински свят. Някои видове птици като пчелояд, земеродно рибарче, синя гарга, папуняк са характерни за льосовите стени в Добруджа. Остров Девня има типични за Долния Дунав растителност, плитчини и пясъчни коси.

---

 Характерни обитатели за ПР "Сребърна"

Малък корморан (Phalacrocorax pygmeus)

Това е птица от семейство Корморанови - водолюбиви птици. Видът е известен още като малка дяволица или карабатак. Оперението му е черно-кафяво, като двата пола са практически неразличими. Дължината на тялото е 50 см, а размахът на крилете - 85 см. Възрастните през размножителния период са черно-кафяви с бели щрихи по тялото и метален блясък по крилата. През есенно-зимния период щрихите и блясъкът изчезват. Младите са с бяло подбрадие и белезникави корем и гърди. Лети с бързи плитки махове ниско над водата. Корморанът населява крайбрежията на Азовско, Аралско и Каспийско море, Мала Азия и Близкия изток. Обитава сладководни и полусолени водоеми с обилна растителност, често с чапли, блестящи ибиси и лопатарки. При миграции и зимуване образува ята. Корморанът се храни с риба.

Голяма бяла чапла (Egretta alba)

Дължината на тялото е 90-100 см. Размахът на крилете е приблизително 140-190 см. Теглото на голямата бяла чапла е от 700 до 1600 гр. Оперението е чисто бяло, краката са черни, кожата около очите е жълтозелена, ирисът-жълт. По главата няма декоративни пера. Голямата бяла чапла лети с бавни, непрекъснати махове, което ѝ предава величествен вид и сгъната шия. При прелети и групови полети винаги се подреждат V-образно. Силуетът ѝ напомня по външен вид много на сродните ѝ сива и ръждива чапла, но е чисто бяла. Отдалеч или когато не могат да бъдат преценени размерите, може да бъде объркана с Малката бяла чапла. Много тиха птица, включително и гнездовите ѝ колонии, където се чуват единствено малките. Есента обикновено се събира с ята на сивата чапла. Голямата бяла чапла се среща в Европа (включително България), Африка, Азия, Австралия и Северна Америка. Обитава бреговете на езера и реки, най-често обрасли с растителност. Храни се предимно с риба, змии, мишки, водни насекоми, земноводни, яйца, останки от мъртви животни. Подобно на сивата чапла когато ловува се движи бавно и често замръзва дебнейки плячката си. По време на размножителния период може да се отдалечи до 15 км от гнездото в търсене на храна. Моногамни птици са. Гнездо - гнезди на малки колонии от 10-15 двойки. Често образува смесени колонии с други видове чапли и блатни птици, включително и пеликани.

---

Ръждива чапла (Ardea purpurea)

Дължината на тялото е 85 см, а размахът на крилете 136 см. Има възрастов диморфизъм и малки сезонни различия. Възрастните през размножителния период са сивокафяви, с украсяващи пера по главата, както и с нежни бели пера по гърба и гърдите, които липсват през другите сезони. Младите са ръждивокафяви, с черни петна и ивици. Ръждивата чапла обитава блата, езера, разливи на реки и влажни зони. При миграции се среща и в разнообразни изкуствени водоеми. Мигрира на малки ята, понякога с други видове чапли.

Лопатарка (Platalea leucorodia)

Лопатарката достига дължина до 1 м. и тегло около 1 - 1,2 кг. Размахът на крилете е 115-135 см. Окраската на птицата е бяла, клюнът и краката са черни. Гнезди в Южна Европа, по-рядко в Западна Европа, а също в Азия и Северна Африка. В България се среща в резервата Сребърна. Европейските лопатарки зимуват в Централна и Източна Африка, а азиатските-в Индия и Китай. Лопатарката живее във влажни райони, на колонии от 6 до 160 птици. Предпочита малки сладководни или соленоводни водоеми, или бавнотечащи реки. Храни се с дребни риби и жаби, личинки на насекоми, червеи, ракообразни, а понякога и с водни растения. Лопатарките гнездят в тръстиката, на дървета, а също на гнезда ниско над водата. Обикновено снасят 3 до 6 яйца, които се мътят и от двамата родители в течение на 21-25 денонощия.

Блестящ ибис (Plegadis falcinellus)

Птиците от този вид имат дълъг, извит на долу клюн, с който ловят различни водни безгръбначни. Блестящият ибис обитава мочурливи терени, като в България гнезди предимно по дунавските острови и блата, а по време на прелет може да бъде видян по Черноморското крайбрежие и във вътрешността на страната.

---

Малка белочела гъска (Anser erythropus)

Малката белочела гъска е сравнително едър представител на семейството си, но е сред най-дребните членове на род Гъски. Тежи между 1,6 и 2,5 kg. Дължина на тялото е  60 cm, а размахът на крилете е около 127 cm. Има възрастов диморфизъм. Възрастните са сиво-кафяви с голямо бяло петно на челото, което достига задния край на окото; гърдите са с черни препаски. При младите петното на челото и препаските липсват. При всички възрасти има жълт кръг около окото. Среща се, но изключително рядко в Азия и Европа (включително и България). Прелетна птица, едно от местата й за зимуване е Балканският полуостров. През есенно-зимния период се среща на ята в обработваемите площи и обширни водоеми, понякога с Голямата белочела гъска. Приема предимно растителна храна, зърнени култури.

Сива гъска (Anser anser)

Дължината на тялото е 82 см, а размахът на крилете е 165 см. Има възрастов диморфизъм. Възрастните са сиво-кафяви с тъмнокафяви препаски по корема, а младите по-тъмни на гърба и без препаски. Източноевропейският подвид (rubrirostris) е малко по-едър, с по-светла окраска, розов клюн с белезникав рогов израстък и бледорозови крака. Западноевропейският подвид (anser) е със светлооранжев клюн и месесточервени крака. И двата подвида може трудно да се отличат от посевната гъска по сивобелезникавата горна предна част на крилата, по-светлите глава и шия и по-тясната черна ивица на опашката. Често издава силни крясъци като домашната гъска. Обитава разнообразни влажни зони с гъста растителност. При миграции и зимуване образува ята, понякога с други гъски.

Червеногуша гъска (Branta ruficollis)

Дължината на тялото е 65 см, а размахът на крилете - 135 см. Има възрастов диморфизъм. При възрастните главата отгоре, гърбът, крилата и корема са черни, шията, гърдите и бузите - червено-кафяви, а юздичката, тясната ивица отстрани на шията и подопашката - бели. Младите са по-­тъмни. Често издават къси хрипливи крясъци. Червеногушата гъска се среща се в обширни блокове със зимни посеви в близост до сладководни или полусолени водоеми. В крайморските райони на Добруджа образува многохилядни ята, често с голямата белочела гъска. Малки ята и единични птици се срещат и навътре в сушата.

---

Червен ангъч (Tadorna ferruginea)

Дължината на тялото е 64 cм, а размахът на крилете достига 130 см. Има полов, сезонен и възрастов диморфизъм. Мъжкият в брачно оперение е ръждивочервен, с по-светла глава и черни първостепенни махови пера. Шията е с черна огърлица, която през другите сезони липсва. Женската е по-светла, с белезникава глава и без огърлица. Младите наподобяват женската, но окраската им е с кафяв оттенък. При полет издават силни крясъци „аанг-аанг", наподобяващи тези на сивата гьска. Обитава водоеми с различна соленост, разположени сред открити пространства. Гнезди в дупки и хралупи, понякога далеч от водата. През размножителния период се среща на двойки, а през другите сезони образува малки ята.

Белоока потапница (Aythya nyroca)

Тежи между 400 и 700 гр., с дължина на тялото 40-46 см и размах на крилете около 65 см. Плува и се гмурка добре. Разпространена е в Европа и Азия, среща се и в България. Прелетна птица, зимува в северна Африка и южните части на Азия. Обитава сладководни езера, блата или бавно течащи реки, гъсто обрасли с водна растителност. Храни се с растителна и животинска храна - дребни мекотели, личинки на насекоми, ракообразни. Гнездото си построява винаги в непосредствена близост до водата, често на малки островчета или купчини стара тръстика. Снася от 6 до 14 жълто-зеленикави яйца.  Малките се излюпват достатъчно развити, за да могат да се придвижват и хранят самостоятелно. Отглежда едно люпило годишно.

Морски орел (Haliaeetus albicilla)

Дължината на тялото е 80-100 см, а размахът на крилете е 210-265 см. Теглото на възрастните достига до 6,8 кг. Има възрастов диморфизъм. Възрастните са сиво-кафяви с почти черни крила. Главата и шията са белезникави, клюнът е масивен, жълт, на върха силно извит надолу, опашката е къса, заоблена и бяла. Младите птици са по-тъмно оцветени, с тъмни опашки и черен клюн. Задният ръб на крилата е дъговидно извит и назъбен. Главата силно източена напред. Морският орел се среща се в Европа (включително България) и Азия, от тундрата до пустинните области, на територия с ширина около 3000 км. Обитава райони около реки, езера и морски басейни и океани, богати на храна (риба и водолюбиви птици), с високи дървета. През есенно-зимния период се среща и край изкуствени водоеми – язовири, рибарници и други.

---

Ливаден дърдавец (Crex crex)

На големина е колкото пъдпъдък (130-190 г. и 25-29 см). Възрастните са ръждивокафяви с черни петна и сивосини вежди. Гърлото им е белезникаво, а гушата и гърдите също са сивосини. По слабините има многобройни, ръждивокафяви, напречни ивици. Издава рязък звук „креррп-креррп” през размножителния си период. Образува гнездови двойки, но само женската поема грижата за малките. Годишно отглеждат две поколения. Храни се с разнообразна храна – насекоми и техните ларви, охлювчета, червеи и семена. Ливадният дърдавец е прелетен вид – долита през април и отлита през септември. Прелетът извършва поединично, нощем, а през деня се крие в тревата. Зимува в Африка и на остров Мадагаскар. Обитава предимно обработваеми площи, но се среща и по влажни ливади, предпланински плата и хълмисти райони с тревна растителност. Ливадният дърдавец е световнозастрашен вид. Включен е в Приложение I на Директивата за птиците. Защитен е от Закона за биологичното разнообразие.

Голяма дропла (Otis tarda)

Тя е най-голямото животно, което може да лети. Мъжките дропли достигат до 90-105 см на височина, около 115 см на дължина и 210-270 см размах на крилете при тегло между 6-18 кг като най-често то е около 13 кг. Най-големият потвърден екземпляр е бил с тегло от 21 кг. Женските са по-малки и обикновено са високи 75-85 см, дълги до 90 см и с размах на крилете от 180 см. Тежат средно около 4,5 кг. Гърдите и шията на женските са голи за разлика от мъжките. Дроплата e вид с транспалеарктично разпространение (от Португалия до Североизточен Китай). В Европа гнезди в Португалия, Испания, Германия, Полша, Чехия, Словакия, Австрия, Унгария, Сърбия, Молдова, Украйна и Югозападна Русия. През последните 100–150 години с увеличаването на обработваемите земи, частично разширява ареала си. Гнезди в разнообразни степни стации – разорани полета с ръж, хълмисти безлесни коилни степи (черноземни и глинести). В началото на юни снася 1–10 яйца. През последните десетилетия средният брой яйца в целия ареал на вида е намалял от 4 на 2. Малките се излюпват през юли и дълго остават с женската. Изборът на гнездовия участък е свързан не толкова с характера на стацията, колкото с наличието в съседство на животинска храна, необходима за малките в ранната им възраст. Той зависи от близостта и броя на мравуняците, защото мравешките яйца са основната храна на пиленцата и на младите птици. Новоизлюпените малки нямат голяма подвижност и хранителният им участък е ограничен.

Допълнително информация за биологичното разнообразие на резервата можете да намерите в Плана за управление на ПР „Сребърна”.